La elección de Pablo Lete como Provincial de los Franciscanos en 1949 fue clave para la remodelación de la Basílica de Arantzazu. Refundó la Comisión de obras del Santuario y unos meses más tarde, en abril de 1950, se publicaron las bases del concurso para la nueva Basílica. Los criterios que el jurado iba a tener presentes a la hora de emitir su fallo eran la capacidad y funcionalidad de la Basílica para los peregrinos, que la planta de la iglesia estuviera al mismo nivel que la primera planta del convento y que la iglesia se adecuara las necesidades ordinarias de la comunidad franciscana. El primer premio suponía el encargo de la ejecución del proyecto.

De los catorce proyectos que participaron en el concurso fue el de Francisco Javier Sáenz de Oiza y Luis Laorga el que obtuvo la puntuación más alta: “El jurado, por unanimidad, estima que el anteproyecto que reúne mayor número de estas condiciones es el de los Arquitectos J. Sáenz de Oiza y Luis Laorga, que tiene a la vez un profundo sentimiento religioso, moderno, es decir una arquitectura actual que si no entronca en aquellas arquitecturas tradicionales tan extendidas por el País Vasco, se halla dentro de una gran corriente de arquitectura religiosa moderna”. Era agosto de 1950. Se colocó la primera piedra el 9 de septiembre de ese mismo año, aprovechando la festividad de Nuestra Señora de Arantzazu.

Pronto comenzaron las primeras polémicas porque la nueva Basílica suponía cierta ruptura con los esquemas de la arquitectura tradicional. Algunos de los arquitectos que concursaron conjuntamente con Oiza y Laorga se hicieron oír en los medios de comunicación de la época. Ante las ofensas recibidas Lete contraatacó demostrando que, aunque eran conscientes de que el proyecto escogido era innovador, confiaban en la profesionalidad de los arquitectos.

Finalmente, desde la elección del anteproyecto y la colocación de la primera piedra hasta el comienzo real de las obras pasaron bastantes meses. En abril de 1951 empezaron los trabajos que se pensaba iban a concluir en un plazo máximo de dos años. En un primer momento se mantuvo un ritmo acelerado gracias a la colaboración de los estudiantes de teología, pero la muerte repentina de Lete en accidente de avión en diciembre de 1952 ralentizó el proceso. A este hecho hay que sumarle la separación de los arquitectos que comenzaron a trabajar en estudios separados. Con unos cuantos meses de retraso, la nueva Basílica fue bendecida y abierta al público el 30 de agosto de 1955.

Una vez construida la nueva Basílica de Arantzazu faltaba decorarla según se había establecido: la escultura la realizaría Jorge Oteiza, las pinturas de la cripta Néstor Basterretxea, el ábside Carlos Pascual de Lara, las vidrieras Javier Álvarez de Eulate y las puertas Eduardo Chillida.

Tras el segundo incendio que sufre la iglesia de Arantzazu, la reconstrucción vuelve a ser rápida gracias a las aportaciones económicas de las gentes del lugar y de otras partes. Se respeta la estructura del edificio anterior, se añaden elementos decorativos y se hacen nuevas ampliaciones como una nueva panadería, un frontón y una biblioteca.

La afluencia de peregrinos, cada vez mayor, hizo necesario destinar un lugar adecuado para su alojamiento. Ya no era suficiente el espacio que se les había adjudicado dentro del convento. En seguida se acondicionó un edificio aparte como hospedería, adosado a los muros exteriores de la iglesia. Una nueva hospedería fue levantada entre 1779 y 1782.

En el año 1834, en la noche del 18 de agosto, en plena Guerra Carlista, se produjo un incendio provocado por los Miqueletes. El resultado fue la destrucción total con el consiguiente abandono de la comunidad franciscana.

Esta vez la reedificación de la Basílica se hizo esperar más que en ocasiones anteriores. En julio de 1844 se otorgó la licencia para reconstruir el edificio y las obras corrieron a cargo del vecino de Oñati Antonio Sanoner. En 1846 se bendijo la nueva iglesia. Algunos años más tarde, hacia 1878, los franciscanos regresaron a Arantzazu y se instalaron en su renovado hogar.

A finales del siglo XIX, los guardianes de Arantzazu decidieron emprender una importante obra de ampliación y mejora en el Santuario. Se embelleció la iglesia, se construyeron edificios anexos y se encargó un nuevo retablo para la Capilla Mayor.

Un nuevo proyecto de ampliación comenzó en 1920 sufragado por Pablo Gámiz. Se pretendía construir un edificio neorromántico del que sólo pudo realizarse la cabecera. Esta parte es la que sirvió de soporte al presbiterio de la nueva Basílica que levantaron los arquitectos Francisco Javier Sáenz de Oiza y Luis Laorga en 1955. Las obras de Don Pablo tuvieron que pararse por falta de medios económicos y porque este proyecto no cubría las necesidades de espacio para dar cabida a todos los peregrinos. Por ello se pensó en abandonarlo y comenzar a dar los pasos necesarios para construir algo que diera respuesta a las necesidades reales del Santuario. Más de 25 años estuvieron parados los trabajos de ampliación de Arantzazu por falta de financiación.

Una vez destruida la primera iglesia en 1553, se dio comienzo rápidamente al programa de reconstrucción. Se quiso hacer una obra digna para la acogida de las constantes peregrinaciones que llegaban. Las limosnas fueron numerosas y provenientes de infinidad de lugares del mundo. Por ejemplo, el Ayuntamiento de Oñati aportó dinero y madera y desde el reino de Inglaterra el Ilustre Ruy Gómez de Silva también hizo su aportación.

En los primeros años del siglo XVII se construyó el crucero de la iglesia y se transformó la casa de los religiosos, convirtiendo el primer piso en hospedería y el segundo en noviciado y enfermería. Esta obra fue realizada por el Padre Miguel Aramburu siguiendo el tipo de arquitectura monástica del momento, consistente en un claustro adosado a la iglesia en torno al que se colocaban las distintas celdas de los frailes.

El 14 de julio de 1622 vuelve a declararse un nuevo incendio que destruye parte del convento, quedando la capilla intacta.