La historia de Arantzazu surge por una misteriosa aparición. El pastor Rodrigo de Balzategui que recorría en soledad estos paisajes escuchó un cencerro desconocido. Cuando se acercó encontró la imagen de una Virgen sobre un espino blanco que le indicó la necesidad de construir una ermita: “Hijo mío, vete a tu padre carpintero y dile de mi parte que construya en este sitio una ermita que tenga por nombre Arantzazu. Para ello le bastarán tres chillas y siete tejas. Te aseguro que esa ermita será famosa con el tiempo, pues vendrán a morar en ella un sinnúmero de hijos míos queridos para honrarme con cantos de alabanza y la celebración de la Santa Misa”. Así lo recogió el Padre Adrián Lizarralde en su Historia de la Virgen y del Santuario de Arantzazu.

Esta primitiva ermita estaría formada por “dos muros paralelos en la dirección oriente al poniente unidos en su extremo oriental por otro perpendicular. Por el lado opuesto, un balaustrado de gruesos barrotes de madera a través de los que era visible el interior cerraba los muros. De un trapecio de palo sujeto en el punto de convergencia de las dos vertientes del techo colgaba una esquila. Bajo el atrio y junto a la reja ardía una gran variedad de candelas mal acomodadas en torpe aparador. En el testero de la ermita se alzaba una mesa hecha de mampostería y sobre ella un nicho para recibir la imagen de la Virgen”.

Esta primera iglesia fue destruida totalmente por el fuego la noche de la festividad de San Juan Evangelista de 1553.