Kripta agerraldi-kapera egon zen lekuan dago, Ama Birjinaren irudia agertu zen tokian eraiki zuten hasierako kaperaren lekuan. Kriptaren dekorazioaren inguruan izugarrizko polemika izan zen, 30 urtez luzatu zena, gainera.
1952 urtearen erdialdera, Francisco Javier Sáenz de Oiza eta Luis Laorga arkitektoek, Pablo Lete Probintzialaren onespenaz, Arantzazuko Basilikaren pintura-dekorazioaren egiletza erabakitzeko lehiaketan parte hartzeko gonbita egin zieten zenbait artistari. Obrarik egokiena hautatzeko ardura Sáenz de Oiza eta Laorga beraiek, Jorge Oteiza eskultoreak, Secundino Zuazo arkitektoak eta Daniel Vázquez margolariak izan zuten. Bi azken horiek Madrilgo San Fernando akademiako kideak ziren. Lehiaketan parte hartu zuten hamar zirriborroetatik bi bakarrik jo zituzten, aho batez, proiektua gauzatzeko mailadun: Carlos Pascual de Lararena eta Nestor Basterretxearena. Larak absidea eta Basterretxeak kripta dekoratuko zutela erabaki zuten. 1953ko urtarrilean jakinarazi zieten erabakia artistei.
Basilika berriaren eraikuntza amaitu baino zenbait hilabete lehenago, 1955eko udan, Erromatik heldu zen Donostiako Gotzainak, Jaime Font Andreuk, urte bete aurrerago hartutako erabakia konfirmatu zuen agindua: Santutegiko dekorazioa debekatu zuten ezarritako kanon artistikoei erantzuten ez ziolako. Artistek ez zuten agindua onartzea beste irtenbiderik izan.
Egoera zaila zen berez, baina debekuari beste gertaera bat batu zitzaion: Basterretxeak kriptan egindako lehen lerroak gau batean pintura zuriz tapatu zituzten, inork horren gaineko ardura hartu gabe. Orduan hasi zen artistaren eta frantziskotarren arteko liskarra. Urte asko pasa ziren 1980an kriptako dekorazioa amaitzeko bi aldeak negoziazioetan hasi ziren arte. 1983an akordioa egin zuten, eta hurrengo urtean Basterretxeak hiru hamarkada lehenago hasitako lana bukatu zuen.
