La cripta se encuentra en el lugar donde se supone estuvo la capilla de la aparición, coincidente con el sitio en el que apareció la imagen de la Virgen. Su decoración estuvo envuelta en una gran polémica que duró más de 30 años.

A mediados de 1952, los arquitectos Francisco Javier Sáenz de Oiza y Luis Laorga, con el beneplácito del Provincial Pablo Lete, invitaron a varios artistas a participar en el concurso por el que se decidiría quién iba a realizar la decoración pictórica de la Basílica. Las personas encargadas de elegir la obra más adecuada fueron los propios Sáenz de Oiza y Laorga, el escultor Jorge Oteiza, el arquitecto Secundino Zuazo y el pintor Daniel Vázquez. Los dos últimos miembros de la Academia de San Fernando de Madrid. De los diez bocetos que presentaron a concurso, se estimó por unanimidad que solamente dos, el de Carlos Pascual de Lara y el de Néstor Basterretxea, eran apropiados para el proyecto. Se estableció que Lara pintaría el ábside y Basterretxea se encargaría de la cripta. Esto se les comunicó a los pintores en enero de 1953.

Meses antes de que la construcción de la nueva Basílica hubiera concluido, en verano de 1955, llegó desde Roma la orden que confirmó la decisión que el Obispo de San Sebastián, Jaime Font Andreu, había tomado un año antes: la decoración del Santuario fue prohibida por no ajustarse a los cánones artísticos establecidos. Todos los artistas encargados de la decoración tuvieron que acatar ese mandato.

La situación ya era difícil por sí misma, cuando una noche las primeras líneas que había trazado Basterretxea en las paredes de la cripta fueron borradas con pintura blanca sin que nadie se responsabilizará de dicho acto. Entonces empezó su enfrentamiento con los franciscanos. Muchos años transcurrieron hasta que el artista y los franciscanos iniciaron en 1980 los trámites para la finalizar la decoración de la cripta. En 1983 las dos partes firmaron un acuerdo y el año siguiente Basterretxea concluyó el trabajo que había empezado tres décadas antes.