La elección de Pablo Lete como Provincial de los Franciscanos en 1949 fue clave para la remodelación de la Basílica de Arantzazu. Refundó la Comisión de obras del Santuario y unos meses más tarde, en abril de 1950, se publicaron las bases del concurso para la nueva Basílica. Los criterios que el jurado iba a tener presentes a la hora de emitir su fallo eran la capacidad y funcionalidad de la Basílica para los peregrinos, que la planta de la iglesia estuviera al mismo nivel que la primera planta del convento y que la iglesia se adecuara las necesidades ordinarias de la comunidad franciscana. El primer premio suponía el encargo de la ejecución del proyecto.
De los catorce proyectos que participaron en el concurso fue el de Francisco Javier Sáenz de Oiza y Luis Laorga el que obtuvo la puntuación más alta: “El jurado, por unanimidad, estima que el anteproyecto que reúne mayor número de estas condiciones es el de los Arquitectos J. Sáenz de Oiza y Luis Laorga, que tiene a la vez un profundo sentimiento religioso, moderno, es decir una arquitectura actual que si no entronca en aquellas arquitecturas tradicionales tan extendidas por el País Vasco, se halla dentro de una gran corriente de arquitectura religiosa moderna”. Era agosto de 1950. Se colocó la primera piedra el 9 de septiembre de ese mismo año, aprovechando la festividad de Nuestra Señora de Arantzazu.
Pronto comenzaron las primeras polémicas porque la nueva Basílica suponía cierta ruptura con los esquemas de la arquitectura tradicional. Algunos de los arquitectos que concursaron conjuntamente con Oiza y Laorga se hicieron oír en los medios de comunicación de la época. Ante las ofensas recibidas Lete contraatacó demostrando que, aunque eran conscientes de que el proyecto escogido era innovador, confiaban en la profesionalidad de los arquitectos.
Finalmente, desde la elección del anteproyecto y la colocación de la primera piedra hasta el comienzo real de las obras pasaron bastantes meses. En abril de 1951 empezaron los trabajos que se pensaba iban a concluir en un plazo máximo de dos años. En un primer momento se mantuvo un ritmo acelerado gracias a la colaboración de los estudiantes de teología, pero la muerte repentina de Lete en accidente de avión en diciembre de 1952 ralentizó el proceso. A este hecho hay que sumarle la separación de los arquitectos que comenzaron a trabajar en estudios separados. Con unos cuantos meses de retraso, la nueva Basílica fue bendecida y abierta al público el 30 de agosto de 1955.
Una vez construida la nueva Basílica de Arantzazu faltaba decorarla según se había establecido: la escultura la realizaría Jorge Oteiza, las pinturas de la cripta Néstor Basterretxea, el ábside Carlos Pascual de Lara, las vidrieras Javier Álvarez de Eulate y las puertas Eduardo Chillida.
