Tras el segundo incendio que sufre la iglesia de Arantzazu, la reconstrucción vuelve a ser rápida gracias a las aportaciones económicas de las gentes del lugar y de otras partes. Se respeta la estructura del edificio anterior, se añaden elementos decorativos y se hacen nuevas ampliaciones como una nueva panadería, un frontón y una biblioteca.

La afluencia de peregrinos, cada vez mayor, hizo necesario destinar un lugar adecuado para su alojamiento. Ya no era suficiente el espacio que se les había adjudicado dentro del convento. En seguida se acondicionó un edificio aparte como hospedería, adosado a los muros exteriores de la iglesia. Una nueva hospedería fue levantada entre 1779 y 1782.

En el año 1834, en la noche del 18 de agosto, en plena Guerra Carlista, se produjo un incendio provocado por los Miqueletes. El resultado fue la destrucción total con el consiguiente abandono de la comunidad franciscana.