1553an lehenengo eliza suntsitu ondoren, azkar eman zitzaion hasiera berreraikitze-programari. Etengabe Arantzazura iristen ziren erromesaldiak hartzeko eraikin duina egitea zen asmoa. Lanak egiteko jasotako limosnak ugariak izan ziren, eta mundu osotik iritsitakoak gainera. Esate baterako, Oñatiko Udalak dirua eta egurra eman zituen, eta Ingalaterrako erresumatik Ruy Gómez de Silva leinargiak ere egin zuen diru-ekarpenik.

XVII. mendeko lehen urteetan elizaren gurutzadura eraiki zen, eta lekaideen etxea aldatu: lehen solairua ostatu bihurtu zuten, eta bigarrena nobizio-leku eta erizaindegi. Lan horiek Aita Miguel Aramburuk zuzendu zituen garaiko arkitektura monastikoari jarraituz. Horrenbestez, elizari atxikituriko klaustroa egin zuen, eta haren inguruan jarri fraideen gelak.

1622ko uztailaren 14an berriz ere sutea izan zuten Arantzazun. Komentuko zati bat erre zuen suak, baina kapera osorik atera zen.