Arantzazuko Basilika berritzeko ezinbesteko bultzada eman zion 1949an Frantziskotarren Ministro probintzial bezala Pablo Lete aukeratzeak. Azkar ekin zion lanari, eta Santutegiko lanen Komisioa berriz ere jarri zuen abian. Zenbait hilabete geroago, 1950eko apirilean, Basilika berria eraikitzeko lehiaketako oinarriak argitaratu ziren. Epaia zehazterako orduan epaimahaiak kontuan izango zituen irizpideak honakoak ziren: erromesak hartzeko gaitasuna eta Basilikaren funtzionaltasuna, elizaren oina komentuko lehen solairuaren maila berean egotea eta eliza bera frantziskotar anaidiaren beharrei erantzuteko modukoa izatea. Lehen saria eskuratzeak proiektua aurrera eramateko enkargua zekarren berarekin.
Lehiaketan parte hartu zuten hamalau proiektu guztien artean kalifikazio altuena lortu zuena Francisco Javier Sáenz de Oizak eta Luis Laorgak aurkeztutakoa izan zen: “Epaimahaiaren aho bateko ustea da J. Sáenz de Oiza eta Luis Laorga arkitektuen aurreproiektua dela baldintza horiek hobe betetzen dituena. Gainera, sentimendu erlijioso sakona du eta modernoa da. Hau da, nahiz eta Euskal Herrian zabaldutako arkitektura tradizionaletik aldentzen den, arkitektura erlijioso modernoaren korrontearen baitakoa da”. 1950eko abuztua zen. Urte bereko irailaren 9an, Arantzazuko Ama Birjinaren eguna zela aprobetxatuta, jarri zuten lehen harria.
Azkar sortu ziren lehen tira-birak Basilika berriaren arkitekturak eskema tradizionalekin bat egiten ez zuelako. Oizarekin eta Laorgarekin batera lehiatu ziren zenbait arkitektu izan ziren kritikarik zorrotzenak egin zizkietenak, eta hedabideetan beren ahotsak entzunarazi zituzten. Jasotako irainei kontra egiteko eta herriari hautatutako arkitektuak ezagutzera emateko, Letek hedabideak erabili zituen. Bide batez, proiektua berritzailea zela onarturik, arkitektuen profesionaltasunean konfiantza osoa zutela adierazi zuten frantziskotarrek.
Azkenean aurreproiektua hautatu eta lehen harria jarri zenetik, lanak benetan hasi ziren arte hilabete asko pasa ziren. 1951. urtean hasi ziren gehienez bi urteko epean amaituko beharreko lanak. Hasiera batean erritmoa oso azkarra izan zen teologiako ikasleen laguntzari esker, baina Lete ezustean hegazkin-istripu batean hil zen 1952ko abenduan, eta prozesua izugarri moteldu zen. Gertaera horri Oiza eta Laorga arkitektuak estudio desberdinetan lanean hastea gehitu behar zaio. Zenbait hilabeteko atzerapenaz, Basilika berria 1955eko abuztuaren 30ean bedeinkatu zuten eta haren ateak jandeari zabaldu.
Arantzazuko Basilika berria eraiki ondoren, dekoratzea besterik ez zen falta: Jorge Oteiza arduratuko zen eskulturaz, Nestor Basterretxea kriptako pinturez, Carlos Pascual de Lara absideaz, Javier Álvarez de Eulate beirateez eta Eduardo Chillida ateez.
