Aurrekoetan baino gehiago luzatu zen orduan Basilikaren berreraikitzea. 1844ko uztailean eraikina berriz ere altxatzeko baimena lortu zuten, eta lanak Oñatiko Antonio Sanonerren kontura egin ziren. 1846an eman zioten bedeinkazioa eliza berriari. Zenbait urte geroago, 1878 inguruan, frantziskotarrak Arantzazura itzuli ziren eta beren berritutako etxean kokatu.

XIX. mende amaieran Arantzazuko goardianoek Santutegia hobetzeko eta handitzeko lanak gauzatzea erabaki zuten. Eliza apaindu zuten, ondoan eraikin gehiago altxa eta Kapera Nagusirako erretaula berria eskatu.

Basilika handitzeko proiektua abian jarri zen 1920an, Pablo Gámizek ordaindua. Eliza neorromantikoa egin nahi izan zuten, baina zati bat bakarrik eraiki ahal izan zuten. Horixe izan zen Francisco Javier Sáenz de Oizak eta Luis Laorgak 1955ean egin zuten Basilika berriko presbiterioaren oinarria. Don Pabloren lanak diru-arazoak zirela-eta gelditu behar izan zituzten, baina baita Arantzazura etortzen ziren erromes guztien toki-beharrei erantzuteko ez zelako aproposa ere. Horregatik bertan behera utzi zuten egitasmo hori, eta Santutegiaren benetako beharretara egokituriko eraikina altxatzera bideratu zituzten indarrak. 25 urtetik gora egon ziren geldi Arantzazuko Basilika handitzeko lanak finantziazio falta zela-eta.